На 6 юни 1960 г. в Казанлъшкия манастир е постриган в монашество с името Калиник от Старозагорския митрополит Климент под духовното старчество на архимандрит Герасим (по-късно Браницки епископ). След едномесечно послушание, на 10 юли с. г. в поморийския манастир "Св. Георги" е ръкоположен в йеродяконски чин от Левкийския епископ Партений. От м. септември 1960 г. до 1962 г. йеродякон Калиник е на богословска специализация в Московската духовна академия. На 7 юни 1962 г. в Патриаршеския Богоявленски събор в Москва, с благословението на Св. Синод на БПЦ, е ръкоположен в йеромонашески чин от Руския патриарх Алексий. След завръщането си в България, от 15 септември 1962 г. е назначен за протосингел на Доростоло-Червенската митрополия, която длъжност заема до 1 ноември 1970 г. Като такъв на 21 юни 1964 г. по решение на Св. Синод е възведен в архимандритско достойнство от Доростолския и Червенски митрополит Софроний. От 20 юли 1968 г. до м. септември 1969 г. архимандрит Калиник е на научна специализация в института в Босей, Лозана, а след това и в Берн и Женева, Швейцария.
От 1 ноември 1970 г. той е игумен на Рилската св. обител, какъвто остава до 31 юли 1971 г., а от 1 август с. г. е назначен за протосингел на Сливенската митрополия. На 6 декември 1971 г. в Патриаршеската катедрала "Св. Александър Невски" е хиротонисан в епископски сан с титлата "Велички" и е назначен за викарий на Сливенския митрополит Никодим, която длъжност заема до м. ноември 1974 г. На 27 октомври 1974 г. е избран, а на 10 ноември с. г. е и канонически утвърден за Врачански митрополит.
Врачанският митрополит Калиник е бил сътрудник на Държавна сигурност. Вербуван е през 1968 г. за 6-то управление с псевдонимите Рилски и Велко. Принадлежността му е установена чрез собственоръчно написани сведения. При него има искане да бъдат заличени данните му.
След като името му беше обявено от Комисията по досиетата Калиник поиска прошка. "Всяка власт е от Бога, както пише и в Библията, за това ние сме били длъжни да сме в синхрон с държавността за доброто на народа", заяви митрополитът.