След аварията през март 2011 година в подземните помещения на реакторите се е събрало значително количество вода. Нейното количество постоянно расте заради това, че там попада течност, която охлажда енергоблоковете. ТЕПКО започна работа по изпомпването на тази вода и нейното частично повторно използване за охлаждане на реакторите, но въпреки всички усилия нейното количество расте с 400 тона на ден. Освен това в подземните помещения заради особеността на релефа се стичат и част от подземните води.