Правителството на премиера Бойко Борисов положи клетва на 27 юли 2009 година. За това време общо 8 министри напуснаха постовете си, някои от тях подадоха оставка, а други поеха нови назначения.

На 19 януари 2010 г. външният министър Румяна Желева подаде оставка, след като се провали на изпита за еврокомисар. Желева беше външен министър от 27 юли 2009 г. до 20 януари 2010 г. Борисов прие оставката й и като кандидат за еврокомисар, и като външен министър. На нейно място Министерство на външните работи пое Николай Младенов, дотогава министър на отбраната. Военен министър на негово място стана Аню Ангелов.

Първият здравен министър в кабинета на Бойко Борисов д-р Божидар Нанев подаде оставка на 30 март 2010 г. заради обвинение от Прокуратурата за сключени неизгодни сделки. Щетата от тях била за около 2,5 милиона лева. На негово място беше назначена проф. Анна-Мария Борисова докато на сайта на Здравно министерство беше публикуван проект за здравна реформа, който предвиждаше доплащане от страна на пациентите. Премиерът Борисов обяви, че Анна-Мария Борисова не е съгласувала проекта за здравна реформа и заради това трябва да си замине, а предвижданото 20 % доплащане в болничната помощ от Нова година няма да се осъществи. На нейно място от септември месец бе назначен д-р Стефан Константинов.

В средата на декември 2010 г. след скандала с досиетата на дипломатите, оставка подаде министърът без портфейл Божидар Димитров, чийто ресор са българите зад граница. Премиерът Бойко Борисов заяви, че е готов да се раздели с него, ако и президентът се съгласи да бъдат отзовани посланиците, за които Комисията по досиета оповести, че имат принадлежност към бившата ДС. На мястото на Димитров не бе назначаван никой, а ресорът на българите зад граница беше поет от вицепремиера и министър на финансите Симеон Дянков.

На 15 март 2012 г. министрите на икономиката, енергетиката и туризма Трайчо Трайков и на здравеопазването д-р Стефан Константинов също подадоха своите оставки. След Константинов, назначена бе Десислава Атанасова.

Премиерът Бойко Борисов предупреди министъра на икономиката, енергетиката и туризма Трайчо Трайков, като едно от предупрежденията беше свързано с проекта за втора атомна централа АЕЦ „Белене” и беше отправено през април 2011 г. Предупреждението беше свързано със скандала с обвързващата клауза за АЕЦ "Белене", подписана от шефа на НЕК. Трайков напусна поста си през март 2012 година след скандала с проваления бизнес форум в Катар. Тогава министерството на Трайков и Външно министерство организираха бизнес форум, на който арабските бизнесмени не отидоха, поради ранния час и организационни неуредици. Впоследствие вината за лошо организирания форум беше хвърлена върху министерството на Трайков, а след напускането му във ведомството излязоха и други проблеми, свързани с периода, в който е пребивавал там. На негово място бе назначен Делян Добрев.

На 28 януари оставката си подаде Сергей Игнатов, който бе министър на образованието, младежта и науката. Игнатов си тръгна заради големия скандал във Фонд "Научни изследвания". Скандалът започна през ноември 2011 година, като дълго време Сергей Игнатов поддържаше старото ръководство на Фонда. На 28 януари премиерът Бойко Борисов направи среща с учените, недоволни от ситуацията от фонда, в отсъствието на Сергей Игнатов. В момента на неговия пост е бившия председател на БАН д-р Стефан Воденичаров. Преди Игнатов, министър на образованието бе Йорданка Фандъкова, но само месец след като бе назначена, стана кандидат за кмет на София. Покрай скандала с Фонд "Научни изследвания", беше споменавано името и на Симеон Дянков, тъй като учени питаха - защо като вицепремиер и министър на финансите не е оказвал контрол. На 18 февруари 2013 г. стана ясно и че Симеон Дянков е подал оставка.