Щабът на ВМС е създаден на 1 януари 1899 г. с указ № 6 на княз Фердинанд I за сливане на Управлението на Дунавската флотилия и на Морската част в едно – „Управление на Флота“. Под понятието Управление на флота се визират началникът и Щабът на Флота. Със заповед № 80 от 2 март 1900 г. относно Положението за устройство на Флота е уточнена функцията на новосъздаденото управление, а именно, че „Началникът на Флота командва и управлява Флота посредством Щаба на Флота, който има два състава: а. Строеви и б. Административен. Щабът на Флота се управлява от началника на Щаба на Флота, който е най-близкият помощник на началника на Флота във всичко, що се касае до устройството, управлението и службата на Флота“. При така създаденото ново положение на Началника на Щаба на Флота са пряко подчинени всички чинове от Щаба на Флота, а при отсъствие на Началника на Флота, той го замества по право.
Първи началник на Щаба на Флота е капитан-лейтенант Васил Хитров, който до този момент е началник на Дунавската флотилия и по мнението на съвременниците е може би най-добре подготвеният български морски офицер.
Една от първите задачи на Щаба на Флота е разработването на проектоустав за службата на кораба въз основа на руския и френския морски устав, регламентиращ службата в отряда кораби. Тук най-вече се имат предвид отрядът торпедоносци тип „Дръзки“.
Съгласно чл. 83 от Ньойския мирен договор, подписан на 27 ноември 1919 г. и влязъл в сила от 9 август 1920 г., Българският военен флот подлежи на ликвидация. Щабът на Флота е закрит в началото на декември 1920 г. Част от щабните офицери запазват позиция в новосформираните Морска и Дунавска полицейска служба със седалище в София.
Щабът на Флота е възстановен в мирновременния щат от 1932 г., а в самото начало на следващата година се връща във Варна. Структурата на управлението на военния флот става сравнително постоянна едва в началото на 40-те г. на ХХ в. Щабът в този период отново се разполага в София.
След войната флотът навлиза в нова фаза от историята си, като през 1947 г. започва обновлението и разрастването на корабния му състав. Щабът на Флота се настанява през 1948 г. в сегашната си сграда във Варна.
През следващите три десетилетия ВМС изпълняват мащабни задачи, свързани със съюзническите задължения на България към Обединените въоръжени сили на Варшавския договор. Основната част на дейностите по планирането и организирането на тези учения пада върху Щаба на ВМС.
След 1989 г. настъпват редица промени в ръководството на флота, продиктувани от новата обществено-политическа ситуация в страната. Ликвидирани са политорганите, въведени са новите наименования на типовете кораби, като част от корабния парк е поетапно изведен от експлоатация. На 19 август 1991 г. ВМФ е преименуван на ВМС.