Нарушения при назначаването на служители, които да работят с оперативните програми в различните министерства констатира одитен доклад на Сметната палата. Според констатациите редица служители са назначавани без конкурс, а при ръководните органи - едва 46% от тях минали през конкурсен подбор. Изненадващ е и размерът на заплатите в управляващите органи на оперативните програми - те са стигали до 7 000 лева бруто.

Рекордно високи заплати се оказа, че получават служителите в управляващите органи на оперативните програми в различните ведомства. Одитен доклад на Сметната полата показва, че през 2014 година, максималното брутно възнаграждение в управляващия орган на ОП "Регионално развитие", е стигало до 7158 лева. Колегите им в ОП "Конкурентоспособност" не остават по-назад. През 2014 година заплатите  са достигнали до 6900 лева бруто. Такива са тенденциите и при останалите оперативни програми. От Сметната палата обаче констатират, че проблемът не е толкова във високите заплати, колко в това дали свършената работа оправдава това възнаграждение.

"Съвсем резонно е те да получават възнаграждения в такъв размер, за да може да имаме увереност, че те ще изпълняват своите задължения. Но тук има друг въпрос, който аз поставям - атестацията на тези служители. Дали тази работа се е извършвала качествено, това може да се види вследствие на атестацията,. Конкретни примери не мога да дам дали някои служител си е заслужил заплатата, но имаме случай, когато оценката за тяхната работа не  е била обективна. За това говори липсата на кариерно развитие в ОП"

А именно там са допускани и нарушения, защото част от служителите са назначавани без конкурси.

"Друга слабост, която се констатира е, че голяма част от служителите, които са назначени, са назначени не вследствие на проведен конкурс, само 14% са назначени  с конкурс. За останалата част са използвани различни форми и методи за леко заобикаляне на закона, като например назначават служител по заместване, а после го назначават на свободна длъжност. 46% от ръководните кадри са назначено в следствие на проведен конкурс."

Що се отнася до заплатите, логичният въпрос тук е - редно ли е служителят на управляващ орган по една оперативна програма да получава повече от неговия началник, в случая - министъра. Заплатите на министрите са фиксирани - те са 30% по-високи от тези на депутатите, които пък са равни на три средни месечни заплати в обществения сектор. Тоест, в момента един министър получава около 3300 лева възнаграждение, което е два пъти по-малко от заплатите в управляващите органи на оперативните програми.