Военноморска база Варна е създадена с княжески указ № 40 от 12 ноември 1897 г. (18 години след създаването на флот на Дунав). С него се постановява формирането на Морска част с щаб във Варна.

И преди тази дата военноморски флагове се веят над няколко съда, базирани в морския град, но получаването на построения в Бордо учебен крайцер „Надежда“ (1898 г.), включването във флота на 6-те миноносци – „Дръзки“, „Смели“, „Храбри“, „Строги“, „Летящи“ и „Шумни“ (1908 г.), както и някои други кораби, бележи важен етап в развитието на флота.