Проф. Панайотов има над 30 години лекарска практика, като повече от 25 са в кардиохирургията. Той е началник на Клиниката по кардиохирургия в Университетската болница „Св. Марина“ във Варна, преподавател в Медицински Университет „Проф. д-р Параскев Стоянов“ – Варна. Първите стъпки в хирургията проф. Панайотов прави в Института за спешна медицинска помощ „Пирогов“. Работил е в Клиниките по кардиохирургия в „Болница Лозенец“ и в Националната кардиологична болница. Той е от онези медици, които заминават да работят в чужбина – Кувейт, но се връщат в България. През 2005 година проф. Панайотов става част от екипа на новата клиника по кардиохирургия в Университетската болница „Св.Марина“ – Варна, а през 2008 г и нейн ръководител.
„Вълнуващ за мен момент! Не съм очаквал да бъда лекар на годината, но се чувствам вдъхновен от тази награда. За мен това е признание за всички тези години, в които работя и най-вече за последните 15 години, в които работя като преподавател в МУ-Варна и като кардиохирург в УМБАЛ „Св. Марина“ - Варна”, бяха думите на проф. Панайотов при получаване на наградата.