Традициите в подводното дело в Българския флот датират от самото начало на ХХ в., припомнят от Военноморски музей-Варна. Първият морски офицер-подводничар е лейтенант Рашко Серафимов, специализирал във френския флот и практикувал на руски подводници.

По време на Първата световна война за българския флот е закупена германската подводница UB I-8 (т. нар. „Подводник №18“). С тържественото зачисляване на „Подводник № 18“ в състава на военния флот на 25 май 1916 г. България става една от малкото европейски страни, които имат подводници.

След Втората световна война политическите условия позволяват възобновяването на българския подводен флот, като се планира получаването на подводници от Съветския съюз.

На 18 август 1954 година в тържествена обстановка дивизион от три подводници проект М-XV („Малютка“) се зачислява в Българския флот. Първи командир на дивизиона е капитан I ранг Матей Матев, а командири на подводниците са офицерите Тодор Георгиев, Иван Фиданчев и Илия Мазнев.

През 1958 година дивизионът получава две по-модерни подводници проект 613.

Качествено нов етап бележи развитието на дивизиона, когато през пролетта на 1972 г. са получени две подводници проект 633, а през 1983–1985 г. – още две подводници от същия проект. Периодът 1985–1990 г., когато в състава на ВМС служат едновременно четири подводници, е апогей в българското подводно плаване. Новите военнополитически и икономически реалности след 1990 година налагат две от подводниците да бъдат изведени от строя. През юни 2008 година и подводница „Надежда“ е изведена от строя, а на 1 юли 2008 година съществуващият дивизион подводни лодки е трансформиран в дивизион за подводни операции.

Три години по-късно, на 1 ноември 2011 година дивизионът за подводни операции е закрит със свалянето на флага на последната подводница от състава му – „Слава“.