Повече от 62 млн. евро отпуска ЕС за плащания по Натура 2000 по линия на Програмата за развитие на селските райони до 2020 г. Както в стария програмен период, така и в новия 2014-2020 мярката се прилага година за година.

Плащанията са насочени към всички земеделски земи, които попадат в обхвата на защитените зони по Натура 2000. За да получат собствениците им средствата трябва да има издадени заповеди за обявяването им, в които са разписани конкретни режими, ограничения и забрани за земеделски дейности. Със заповед на министъра на околната среда и водите са обявени 119 защитени зони по директивата за опазване на дивите птици. По този начин подпомагането се предоставя под формата на годишни плащания на хектар земеделска площ, като се компенсират именно тези наложени режими и ограничения в заповедите за обявяване на съответната зона по Натура 2000.