Йоан Кръстител се ражда половин година преди Иисус Христос. Син е на свещеник Закария - от рода на Аарон и праведната Елизавета - от рода Давидов. Както разказва Евангелист Лука, архангел Гавраил се явява на баща му Закария в храма и възвестява зачеването на сина му, след като води дългогодишен благочестив живот до преклонна старост, но e лишен от утехата да има дете. Така най-накрая в семейството се ражда син, който измолили в горещи молитви. Младенецът Йоан избягва участта на хилядите убити младенци във Витлеем и околностите му и през 29 година от н.е. започва своите проповеди. Вероятно е убит през 30 година от новата ера по заповед на цар Ирод Антипа.

Според Евангелието води аскетичен живот на бреговете на река Йордан, носи груби одежди от камилска вълна и се храни с див мед и акриди. (Мк.1:6)

След като навършва 30 години започва да проповядва и да кръщава хората. Дава Свето Кръщение и на Иисус Христос (Богоявление).

Наказан е чрез отсичане на главата по заповед на Ирод Антипа. Юдейският цар Ирод се опитва да съблазни жената на своя брат Филип Иродиада. Йоан Кръстител става свидетел на случващото се и се обръща към него с изобличителните думи: „Ти не трябва да я имаш!". След тези си думи той е затворен в тъмница. На рождения си ден Ирод дава пиршество и дъщерята на Иродиада, Саломе танцува за него. След като тя приключва танца си, той ѝ се заклева, че ще ѝ даде каквото поиска. Саломе пита майка си какво да пожелае, а тя ѝ отговаря „Главата на Йоана Кръстителя". За да изпълни клетвата, си Ирод дава заповед да обезглавят Йоан и да донесат главата му на тепсия на танцьорката.

След като му отсичат главата, Иродиада нарежда да не я погребват заедно с тялото, тъй като се страхува от възкресението на страшния пророк. Затова заравят главата му на тайно и неизвестно място дълбоко в земята. Нейната придворна Йоана, жената на Хуза, не може да търпи главата на един Божи човек да остане на това безвестно място и тайно я откопава и я отнася в Йерусалим, където я погребва в Елеонската гора.

По-късно един богат човек повярвал Христа, оставя имане и служба и се замонашва под името Инокентий. Заселва се на Елеонската гора на същото място, където е погребана главата на Йоан Кръстител. Пожелава да си иззида килия и започва да копае. Намира съд, в който има глава, за която по тайнствен начин му е явено, че е на Предтечата. По Божията промисъл тази чудотворна глава се предава от ръка на ръка до времето на благочестивата царица Теодора - майка на Михаил и жена на цар Теофил - и по времето на патриарх Игнатий е пренесена в Константинопол.

Според други, по-достоверни[източник?] източници, главата на Йоан-Кръстител е погребана в църква, основана от царица Елена, майка на Константин Велики по време на поклонението й по Светите земи и носеща в неговото име. Църквата "Св. Йоан Кръстител" в Дамаск просъществувала до 635 г., когато мюсюлманите завземат града и я превръщат в джамия, известна днес като Омаядската джамия или Голямата джамия в Дамаск. Една от най-големите в света, в нея и до днес се съхранява главата на Йоан Кръстител, открита при археологически разкопки. През 2001 г. папа Йоан-Павел II посещава Дамаск и Омаядската джамия, като се покланя на светите мощи. С това става и първият папа, влязъл в джамия.

Тялото на светеца най-вероятно се съхранява в Александрия, където още средновековни източници посочват, че то почива. Намереният скелет на мъж с липсваща глава и датиран към 1 в. потвърждават, доколкото е възможно, това твърдение.

В България, по време на сондажни изкопи в основите на най-старата църква на остров Свети Иван близо до Созопол, построена в края на IV - нач. на V в. , на 28 юли 2010 г. при разчистването на основата на олтарната маса на дълбочина 0,6 m под пода е открит мраморен реликварий (мощехранилница) с форма на малък саркофаг, дълъг 18 cm и висок 14 cm. Реликварият от алабастър съдържа части от ръка, лицева част и зъб и според някои български учени откритите мощи принадлежат на Свети Йоан Предтеча.