Това е първата българска църква във Варна, открита през 1865 година. Преди нея, сградата е била на първото българско училище в морската столица, отворило врати на 25 юли 1862.
Три години по-късно, долният етаж на училището е преустроен и е превърнат в църква с името "Св. Архангел Михаил".
Необходими потреби за новата църква били взети от храма в св.Николаевка. На 14 февруари 1866 г. се извършва водосвет, а на 17-ти св. Божествена литургия от първия свещеник на новия храм "Св. Архангел Михаил" - Константин Дъновски.
Иконите на иконостаса са нарисувани от художниците Никола Василев и Александър поп Георгиев. Добре запазени са тези на Исус Христос, Св. Богородица, Св. Арх. Михаил, Св. Петър, Йоан Кръстител, Св. Николай и Св. Спиридон.
Особен интерес предизвиква иконата на Александър поп Георгиев "Св. Седмочисленици" от 1866 г. На нея са изобразени Св. Св. Кирил и Методий и техните последователи и ученици Климент Охридски, Наум, Сава, Горазд и Ангеларий – канонизирани от българската православна църква.
На 27 юли 1878 г. в двора на "Св. Архангел Михаил", са посрещнати руските войски и е отслужен молебен. По-късно тук е взето решението за построяване на катедралния храм „Св. Успение Богородично”.
На 21 ноември 1938 г. храмът "Св. Архангел Михаил" е осветен от Варненския и Преславски митрополит Йосиф, в съслужение с гостуващия му във Варна тогава Пловдивски митрополит Кирил, по-късно и патриарх Български.
През 1915 г. при честване на петдесетгодишнината на първата българска църква във Варна църковното настоятелство издава малък исторически очерк, който завършва с думи, запазили своето историческо значение и днес. Там четем: "Хвала и чест на първите виновници за откриване на българската църква в гр. Варна! Хвала и чест на тружениците на духовно-националното пробуждане на българщината тук!"
В същата сграда през 1870 година, благодарение на инициативата на Янко Славчев, Константин Тюлев и Димитър Станчев, българите откриват свое читалище "Възрождение".
През 1959 г. църквата е затворена и превърната в Музей на Възраждането. През 2002 г., след 10 години съдебни дела, тя е върната на Митрополията и отново започва да действа като православен храм. Тук е разположен и Духовно-просветният център „Св. Архангел Михаил”.
В двора на църквата се намира и паметника "Посрещане на братята освободители".