Практическите проблеми в прилагането на правилника се отнасят до организационни и кадрови въпроси в органите на медицинската експертиза и регионалните картотеки на медицинските експертизи. Такива проблеми са: изискването в заседанията на териториалните експертни лекарски комисии (ТЕЛК) да участва лекар с придобита специалност по профила на заболяването; липсата на точен регламент за създаване на ТЕЛК и за промяна в състава на ТЕЛК. Също така затруднения в начина на определяне на броя и профила на специализираните състави на НЕЛК; изискването в регионалните картотеки на медицинските експертизи (РКМЕ) да работят само лекари с призната медицинска специалност или с не по-малко от 5 години стаж по медицина; липса на образци за някои основни документи; неефективен механизъм в процедурата на обжалване на експертните решения на ТЕЛК, свързан с връщането им от Националната експертна лекарска комисия за ново разглеждане; невъзможност документите за явяване пред ТЕЛК да се подават от упълномощени лица и други.