Междинни звена по програмата ще бъдат Изпълнителната агенция по рибарство и аквакултури и Държавен фонд „Земеделие“ – Разплащателна агенция.
Предложените изменения създават условия за адекватно функциониране на системата за управление и контрол по Програмата за морско дело и рибарство и за осъществяване на плавен преход между двата програмни периода.