С предлаганите промени в Закона за водите се осигурява въвеждането на принципа „замърсителят плаща” и законовите механизми за възстановяване на ресурсните разходи и разходите за околна среда в рамките на възстановяването на разходите за водни услуги за възможно най-широк кръг услуги. Това е елемент от изпълнение на предварителните условия за предоставяне на средства от европейските фондове за програмен период 2014-2020 г.
Отстраняват се и пропуски в транспонирането на Директива 2000/60/ЕО за установяване на рамка за действията на Общността в областта на политиката за водите относно оценката и управлението на риска от наводнения в българското законодателство и избягване на процедура за нарушение.
Отменят се някои наредби към закона поради осъвременяване на нормативната база с европейското законодателство и по-доброто му прилагане. Ускорява се процесът по определяне на санитарно-охранителни зони около водовземните съоръжения за питейно-битово водоснабдяване. Въвеждат се разпоредби, свързани с планиране, разработване и изпълнение на Морската стратегия и на програмите от мерки към нея с цел опазване и подобряване на състоянието на околната среда в морските води.