През това време задълженията му изпълняваше вицепрезидентът Александър
Анкваб.
През 2005 година Багапш става втори президент на самообявилата се република Абхазия, печелейки признатите единствено от Русия избори с убедително мнозинство от - 91.54 % или 69 326 гласа. В периода април 1997 до юни 1999 той е ръководител на сепаратисткото правителство на Абхазия.
Бивш член на Комунистическата партия на Съветския съюз и първи секретар на комсомола в Абхазия.