Провал на стойност над 3,201 млрд. лв. отчита одитният доклад на Сметната палата за ефективността на режима на контрол при възлагането на обществени поръчки за периода от 21 юли 1999 г. до 30 септември 2003 г. С това програмата държи първенството в списъка с най-губещи проекти на държавната администрация през последните години, се посочва още в анализа на Института за пазарна икономика. Финансовите одитори са констатирали множество тежки нарушения, като провеждане на процедура по пряко договаряне, без да е налице основание за това, сключване на договора от възложителя при по-неблагоприятна от предложената в офертата цена и др. В разглеждания период са сключени 914 договора, без да е провеждана процедура за възлагане, а за стойността на всички тези договори липсват данни. В публикуваните одитни доклади земеделското министерство държи първото място с най-много провалени проекти (общо за 600 млн. лв.). За година и половина от проекти за управление на твърдите битови отпадъци от МОСВ са „изтекли" близо 678 млн. лв.