На 23 декември 1925 г. началникът на Варненското пристанище инж. Д. Стоянов издава заповед № 301, съгласно която от 1 януари 1926 г. се урежда пилотна служба. Целта ѝ е да улеснява търговското мореплаване и се осигури безаварийност при маневриране в района на пристанище Варна. Тя ще се извършва от подведомствените пристанищни органи само при поискване от параходите, които искат да влязат или излязат от пристанището или от техните агенти. Всички кораби, нуждаещи се от пилот, трябва да издигат международно установения сигнал.
С тази заповед се забранява на частни лица да въвеждат или извеждат кораби в и от пристанището. Определя се таксата, кога и как да се заплаща от корабите, които искат пилот. Пилотната служба се ръководи от портовия капитан, който определя наряда за всеки ден. На разположение на пилота има катер или моторна лодка от строителния инвентар. Всеки извършен пилотаж се регистрира — дата, час, името на пилотирания кораб, флага му, името и длъжността на пилота.
През Втората световна война българските води са обявени за опасни от мини и през минираните райони трябвало да се минава само с военен пилот-водач, който да се качва на самия кораб или на специален кораб - водач.
След войната пилотажът се извършва в две направления – външен и вътрешен пристанищен. Външният пилотаж се извършва от н. Шабла или от н. Емине до град Варна и обратно. Пилотската служба е подчинена на Портовия надзор към Управление „Воден транспорт”. От 01.01.1968 г. Пилотската служба преминава на пряко подчинение на Пристанище Варна, където се обособява отдел „Портови флот и пилотска дейност”.
Днес пилотажната дейност се осъществява от "Пилотска станция Варна" ЕООД, учредена и регистрирана в началото на месец април 1995 година. Тя е основната организация, която осигурява външен и вътрешен пилотаж в пристанищата и подходите към тях в северното българско черноморско крайбрежие - от нос Емине до румънската граница.