На 10 декември 1883 г. командирът на Дунавската флотилия капитан-лейтенант Зиновий Рожественский подава рапорт до военния министър на Княжество България с искане да бъде разрешено откриването на оркестър към флотилията. Месец по – късно молбата е удовлетворена и е обявен списъкът на първите 22 назначени музиканти. На 28 февруари 1884 година за капелмайстор на оркестъра е избран Франц Минарик. На практика по онова време това е втория щатен оркестър в Българската войска.
През 1899 г. военният оркестър на флота се мести от Русе във Варна. Там е съставен щабът на създадените три години по-рано Военноморски сили.
Общо 19 души са държали диригентската палка. Първи диригент на оркестъра е Франц Минарек. Близо 4 десетилетия оркестърът ръководят чешки диригенти. Първият българин, който поема ръководството на флотския оркестър през 1920 год., е Димитър Харалампиев.
През 1919 година оркестърът е подложен на сериозно изпитание. Това е един от драматичните моменти в историята му. Тогава заради клаузите на Ньойския диктат всички чуждестранни офицери, включително и чешките капелмайстори, са отстранени от военна служба.
След това до 1937 г. България официално няма военен флот. Голяма част от личния състав на формално ликвидираните подразделения на флота преминават на служба към формираната през април 1921 г. Крайбрежна жандармерийска дружина. Част от дружината е и флотския духов оркестър, който по това време включва 23 музиканти. За периода носи името Музикантска команда.
Това е и времето, в което начело на оркестъра застава и първият българин. Ръководител става капелмайстор Димитър Харалампиев. Диригентската палка преминава последователно през ръцете на Александър Наумов, Петър Касабов, Георги Попов – един от създателите на Варненската опера, Яким Попилиев – създател на струнен състав към оркестъра, по-късно и диригент във Варненската опера.
През 1997 г. за диригент на оркестъра назначен капитан III ранг Мирослав Трифонов. Той е възпитаник на военно-диригентския факултет на Московската държавна консерватория.
В момента диригент на оркестъра е капитан III ранг Георги Зайранов – завършил Академията за музикално, танцово и изобразително изкуство в град Пловдив, а помощник-диригент е лейтенант Даниел Лазаров – завършил Националната музикална академия ,,Проф. Панчо Владигеров”.
Оркестърът има участие в исторически събития през годините. От първостепенно значение, разбира се, винаги са били всички събития и ритуали на ВМС. Годишно оркестърът има над 150 ангажимента. В съвремието част от репертоара са не само класически изпълнения, но и много адаптирани за духово изпълнение модерни парчета, както и фолклорни произведения.
През октомври 1930 г. Флотският оркестър е командирован до Италия и пътува на борда на парахода „Цар Фердинанд” за сватбата на Н.В. Цар Борис III с италианската принцеса Джованна Савойска. Оркестърът изнася двучасов концерт в деня на събитието в град Бриндизи.
Флотския оркестър е част от официалната делегация в Анкара, изпратена за церемонията по погребението на турския държавен глава Мустафа Кемал Ататюрк през 1938 година.